5月14日晚，合肥市轨道集团发布了最新的疫情防控方案。按照要求，所有进入合肥地铁站的乘客需全程佩戴口罩，测量体温、核验安康码（无法出示安康码的乘客可向地铁站工作人员求助、登记）。车站一旦发现体温异常的乘客，将第一时间留观隔离、信息汇报，启动防疫联动，及时对环境消杀，最大限度地防风险、防扩散、防漏洞。另外，合肥市轨道集团也建议乘客尽量使用“合肥轨道APP乘车码”，无接触扫码进站，候车时也尽量不要聚集。

在各地铁车站疫情防控方面，线网所有车站每日保持“全开、全排”通风模式，正线空调运转转为全新风模式，新风过滤网每天喷洒消毒。各车站按要求开展“一日五消毒”行动，并按照“六无六洁”的标准对电扶梯、售票设施、安检设备等乘客可能会高频次接触的物体表面进行消毒。车站工作人员严格执行上下班“绿码核验，体温测量，登记台账”的制度。