一直以来，诸多科研机构陆续在海南岛进行生物多样性调查，不断丰富海南两栖动物的物种名录，为海南岛发现许多珍稀濒危的物种。2011年出版的《海南两栖爬行动物志》一书，共记录海南岛有两栖动物43种、爬行动物115种。海南岛目前特有的两栖爬行动物有20余种。

在海南岛记录的7科40多种两栖动物中，以树蛙科物种的多样性最为丰富，共记录有13种。当中，除了斑腿泛树蛙、侧条跳树蛙、背条跳树蛙之外，其他物种都对生境的质量要求较高，需要栖息在森林保存较好的地区。丰富的树蛙科物种也反映了海南岛热带雨林生态系统的优良性与完整性。

在海南记录的两种棱皮树蛙—马来棱皮树蛙和北部湾棱皮树蛙，拥有非常出色的伪装能力，保护它们不易被天敌发现。马来棱皮树蛙又戏称作“鸟屎蛙”，因为它们泥褐色身体上带有一些斑纹，趴在叶子上就像一坨鸟粪。北部湾棱皮树蛙躲在长满青苔的树干或石头上，几乎与环境融为一体。

像“独角兽”的尖喙蛇，吻端显著突出，长相十分奇特，是海南很有代表性的蛇类。最新的研究将海南的尖喙蛇独立为一个新种。

飞蜥是很有热带地区代表性的物种，在海南岛很常见。飞蜥的身体两侧有翼膜，可以在树林之间自由滑翔。此外，成年雄性飞蜥还有一个非常有意思的行为，即将它们长长的皮褶伸长，然后一张一合。这应该是它们宣示领域或吸引异性的一种行为方式。

海南的热带雨林还生存着一类非常漂亮的物种—睑虎。睑虎最大的特点是身体上鲜明的黄色或橘黄色环纹，以及十分漂亮的红色、橙红色虹膜。